運動競技學系設立於民國一百零一年,為呼應高雄民眾留住及發掘更多優秀體育人才的企盼,經多次向教育部溝通爭取資源,國立高雄大學今年(101學年度)終於成立運動競技學系,第1屆採單獨招生,招收棒球、桌球、羽球、游泳等4類運動專長學生共45名,並依入學成績,最高可享有學雜費、住宿費兩項全免優惠,同時協助申請相關獎學金補助,藉此讓學生無後顧之憂地拼出下1個台灣之光。設系緣由,起因於2009年一群關心高雄棒運人士,奔走呼籲成立大學球隊,提供在地高中、職球員學生可兼顧升學與運動表現再精進的管道,因此與高市教育局、體育團體多次會商討論,決定提報教育部申請設立「運動競技學系」,除棒球外,另外再招收桌球、羽球、游泳共4個項目的運動專長學生。2年多來不斷地向教育部溝通爭取經費、資源,終於獲准設系及新台幣1,000萬元發展補助,運技系獲核准招收學生員額45名,分為棒球22名、桌球8名、羽球8名、游泳7名,棒球限招男性學生外,其餘不限性別。
運動競技學系不僅向本地優秀體育學生招手,也積極網羅各縣市好手,因此祭出學雜費、住宿費減免優惠措施。針對4報考組別入學成績,棒球前2名、羽球第1名、桌球第1名、游泳第1名者,學雜費及住宿費全免;棒球第3、4名、羽球第2名、桌球第2名、游泳第2名者,則享學雜費及住宿費兩項均減半優惠。師資方面,校方將依教育部所核定之教練資格聘任,另外也會向企業募款,做為教練、學生選手贏得重大賽事名次的獎勵。